1. Menghasilkan tenaga kesehatan yang mampu bekerja secara profesional dan memiliki atitude yang baik.
2. Menghasilkan tenaga kesehatan yang mampu berkompetisi dialam maupun luar negeri.
3. Menghasilkan tenaga kesehatan yang mampu mengembangkan penelitian dan memecahkan permasalahan di bidang kesehatan.
4. Membangun kerjasama dengan pengguna lulusan baik dalam maupun luar negeri.
5. Mewujudkan sistem pengelolaan STIKES Jayapura yang berbasis teknologi.
6. Melaksanakan kurikulum Sekolah Tinggi Kesehatan yang disertai dengan keunggulan hingga mampu memenuhi kebutuhan masyarakat dan stake holder.
7. Menyelenggarakan kegiatan pengabdian pada masyarakat hingga memotivasi dan membantu meningkatkan derajat kesehatan masyarakat.
8. Menghasilkan penelitian dalam bidang kesehatan yang dipublikasikan.
9. Melakukan kerjasama dengan instansi dalam negeri maupun luar negeri guna meningkatkan kualitas lulusan STIKES Jayapura.

1. Menjalin kerja sama dengan perguruan tinggi baik swasta maupun negeri dalam dan luar negeri.
2. Mengembangkan dan melengkapi sarana dan prasarana pendidikan baik di kampus maupun diluar kampus (Rumah Sakit, Puskesmas, Laboratorium dan Instansi lainnya).
3. Memberikan kesempatan seluas=luasnya kepada peserta didik untuk menerapkan keilmuannya berdasarkan profesi dan kompetensi yang dimiliki pada pelayanan kesehatan.
4. Memotivasi dan memfasilitasi SDM dalam mengembangkan ilmu dan keterampilan melalui pelatihan-pelatihan dan pertemuan ilmiah nasional serta internasional.