Provinsi Papua terletak dibagian paling timur wilayah Negara Kesatuan Republik Indonesia, dengan memiliki luas daratan 421.981 Km² (21,9% luas wilayah indonesia), Luas wilayah perairan 228.000 Km² yang mempunyai struktur alam yang berbukit-bukit dan sukar ditembus oleh sarana transportasi sehingga Pembangunan Nasional di bidang pendidikan dan kesehatan yang berperan dalam meningkatkan kualitas manusia indonesia masih sukar diwujudkan secara merata di Provinsi Papua ini, diharapkan penyelenggaraan Pendidikan Nasional yang mengacu pada Undang-Undang yang bertujuan untuk meningkatkan kualitas bangsa indonesia yaitu manusia yang beriman dan bertaqwa kepada Tuhan Yang Maha Esa, berbudi pekerti luhur, berkepribadian mandiri, maju, tangguh, cerdas , kreatif terampil disiplin, etos kerja yang baik , profesional bertanggung jawab dan produktif serta sehat jasmani dan rohani dapat pula dirasakan secara adil dan merata di Provinsi Papua.

Provinsi Papua sebagai Wilayah Negara Kesatuan Republik Indonesia yang luas wilayah dengan jumlah penduduk tersebar di Pegunungan, lembah pesisir pantai dan kepulauan mempunyai keisolasian dan keterbatasan sumber daya manusia untuk dapat memberikan pelayanan kesehatan secara merata, dengan adanya pemekaran kabupaten dan provinsi di Tanah Papua maka perlu adanya peningkatan Sumber Daya Manusia yang mampu untuk mengoptimalkan segala aspek pelayanan terutama dalam bidang kesehatan yang menjadi dasar dari setiap sendi-sendi kehidupan dan pemerintahan, untuk mencapai derajat kesehatan manusia yang optimal maka diperlukan sarana pendukung yang memadai di Provinsi Papua menurut data Dinas Kesehatan Provinsi Papua pada akhir tahun 2002 jumlah rumah sakit sebanyak 30 buah yaitu milik Pemerintah 13 buah, dan swasta 17 buah, dari rumah sakit yang ada ini 4 rumah sakit berdasarkan pembagian wilayah untuk dijadikan sebagai rumah sakit rujukan yang tentunya banyak menyerap tenaga kesehatan. Khusus di kota Jayapura sudah ada rumah sakit baik milik pemerintah ataupun swasta dengan jarak radius 500 meter terdapat satu buah rumah sakit yang tentunya banyak menyerap tenaga kesehatan yang ada, namun keberadaan tenaga-tenaga kesehatan masih dirasakan sangat terbatas. Untuk tenaga perawat profesional yang ada adalah 127 orang, sedangkan yang seharusnya dibutuhkan sebanyak 2.453 orang, jadi tenaga perawat profesional yang dibutuhkan untuk mengisi rumah sakit yang ada sebanyak 2.326 orang, demikian pula dengan tenaga bidan yang masih sangat sedikit dibandingkan dengan kebutuhan yang ada saat ini.

Dasar-dasar pemikiran diatas mendorong Yayasan Pengembangan Pendidikan dan Pelatihan Masyarakat Papua ( YP3MP ) mencoba melakukan analisis kebutuhan dengan mendirikan SEKOLAH TINGGI ILMU KESEHATAN (STIKES) JAYAPURA di Provinsi Papua, untuk ikut serta berpartisipasi aktif dalam pembangunan pendidikan dalam mencerdaskan kehidupan bangsa dan mengembangkan Ilmu Pengetahuan dan Teknologi di bidang Kesehatan melalui pendirian SEKOLAH TINGGI ILMU KESEHATAN JAYAPURA, di Provinsi Papua.